劝告书由山下少将到陆相官邸向叛乱军官作了传达。此后荒木、真崎大将等军事参议官又根据叛乱军官的要求，来陆相官邸会见他们。矶部、栗原等叛乱军官说，他们此番义举，是为了真崎内阁的出现，回营前要看一看实现愿望的证据。真崎大将回答说：“自己不在其任。无论如何，想靠这种不祥事件推举总理，这会成为向皇上强求。”
可是，裕仁天皇毫不让步，天皇敕令陆军参谋总长负责镇压叛军。遵照天皇的旨意，步兵第49、第57联队已作好讨伐的准备，并从外地调到东京，日本联合舰队也奉命开进了东京湾。那些海军少壮派军官们向叛军开火，为三名被陆军杀害或伤害的海军老前辈—斋藤、铃木和冈田报仇雪恨，他们把军舰上的所有的炮口对准了国会议事堂和首相官邸。此时，东京城充满了火药味，形势越来越严峻！
荒木、真崎大将作了最后一次努力，他们到戒严司令部去交涉，希望暂缓行使武力，但遭到断然拒绝。他们得到的回答是，如果叛军违抗命令的话，负责讨伐的香椎浩平中将将在中午或下午1时下令攻击。
29日早晨，镇压叛军的坦克挂着劝告归顺的标语来回开动，飞机撤出大量传单，高音喇叭一遍又一遍地播送了“告士兵书”的广播，空中升起了悬着大幅“不要反抗军旗”标语的气球。在强大的舆论和军事压力下，叛军开始出现人心涣散。中桥队首先吹号朝皇宫行致敬礼。随后清原队、坂井队、野中队……一个接一个地归顺了，下午1时，安藤辉三也投降了，他开枪自杀未遂。其他青年军官午后2时许至陆军大臣官邸集合，除野中大尉自杀外，其余都被宪兵队一一绑缚起来。叛乱在第四天被不流血地镇压。皇道派青年军官的理论指导北一辉、西田税也相继被捕。在特设军法会议上，首谋者17人被判处死刑，在政变幕后的北一辉、西田税也被判处死刑。其后，皇道军人大量受处分，表示不容许从事扰乱军队秩序的法西斯主义运动。